Tentando fazer a instalação do WSUS numa servidor Windows server 2003,me deparei com este erro ao tenta instalar o IIS, o sistema não consegue concluir a instalação, o problema ocorre por que o ASP.NET não consegue reiniciar o serviço W3SVC e com isto não conclui o processo o IIS corretamente.
Buscando pela internet encontrei o blog de Luiz Claudio Nunes, onde continha a solução do problema, segue abaixo.
Eu tive um problema para iniciar site padrão do IIS, após a instalação do IIS. Depois de verificar arquivo ASPNETSetup_00000.log, eu encontrei um problema para iniciar o serviço W3SVC. Eu verifiquei no Services.msc e descobri que serviço de publicação World Wide Web estava faltando após a instalação do IIS.
Resolução do Problema:
Abra o Regedit
Ache a chave HKEY_LOCAL_MACHINESOFTWAREMicrosoftWindows NTCurrentVersion
Clique em Svchost com o botão direito selecione permissões
De permissão para Administradores de Full Control
Desinstale o IIS e reinistale novamente
Fonte: http://lcnunes.blogspot.com.br/2012/01/failed-while-restarting-w3svc-error.html